Принципи синтезе нуклеинских киселина

Синтеза нуклеинске киселине се спроводи методом чврсте фазе сијаличног амида триглицерида, при чему се 3′ крај ДНК имобилише на супстрату чврсте фазе и нуклеотиди се додају у правцу 3′ до 5′ док се не синтетише жељени фрагмент ДНК .Ово се разликује од синтезе ДНК применом ДНК полимеразе.

3′ крај прве базе је имобилисан на ЦПГ током синтезе, 5′-ОХ следеће базе је заштићен ди-п-толил тритил ДМТ, амино група на бази је заштићена бензојевом киселином, а 3′ -ОХ се затим активира амино фосфатним једињењем.1 база 5 5′-ОХ од 1 базе и 3′-ОХ следеће базе формирају фосфит триглицерид, који се затим оксидује јодом до фосфатног триглицерида, заштитник на другој бази 5′-ОХ се уклања помоћу додавањем дихлоросирћетне киселине ДМ циклуси кроз додавање следеће базе, а након синтезе заштитни агенс на 5′-ОХ се уклања слабом киселином. Фрагмент се одваја од чврсте смоле концентрованим амонијум хидроксидом, заштитно средство се уклања са базе. са концентрованим амонијум хидроксидом уз загревање, амонијум хидроксид је уклоњен, фрагмент је осушен у вакууму, а нуклеинска киселина је пречишћена течном хроматографијом или ПАГЕ.

Кораци олиго синтезе

Деблокирање

Тхе5-крајна ДМТ заштитна група се уклања додавањем ТЦА раствора.

Активација

Мешање активатора са олигонуклеотидним мономером да би се формирао интермедијер активног олигонуклеотидног мономера.

Квачило

5-терминална хидроксилна група реагује са активним олигонуклеотидним интермедијером у антигенеративној реакцији кондензације да би се формирала нестабилна фосфитна триглицеридна веза.

Цапппинг 

Додатак агенса за затварање врши реакцију затварања ацетилације са вишком хидроксилних група које нису укључене у реакцију кондензације.

Оксидација 

Додатак раствора јода који садржи воду реагује са нестабилним фосфитним везама оксидацијом да би се формирале стабилне триглицеридне везе фосфорне киселине.

Цианоетхил Цлеаваге

Производ нуклеинске киселине након синтезе, уз додатак ДЕА раствора за уклањање цијаноетил групе са фосфатне триглицеридне везе.

Цлеавед&Депротецтион

Фрагменти нуклеинске киселине се одвајају од носача чврсте фазе додавањем концентрованог раствора амонијум хидроксида и затим загревају да би се уклониле заштитне групе са водоничних веза база.